基于复杂网络技术对电针治疗乳腺增生病处方分析

目的基于复杂网络技术分析电针治疗乳腺增生病的核心穴位及配伍穴相关性,并对电针波型进行探讨。方法检索中国期刊全文数据库(CNKI)、万方数据库、维普网数据库(VIP)中从1954年1月1日到2018年12月31日公开发表的电针治疗乳腺增生病的临床中文文献,利用Excel表格工具建立电针治疗乳腺增生病数据库,利用Matlab2014a软件进行节点中心性分析和聚类分析,利用Gephi0.9.1软件制作复杂网络示意图对分析结果进行描述和展示,利用Excel表格工具制作电针治疗乳腺增生病不同波形比例饼状图并分析其规律。结果选定43条电针处方:电针治疗乳腺增生病主穴核心度前三位依次为膻中穴、足三里、肩井穴;配伍穴位核心度前三位依次为太冲穴、太溪穴、脾俞穴;经络核心度前三位依次为足阳明胃经、任脉、足少阳胆经。配伍穴位相关性分析中,相关性频度前三位组合依次为太冲穴-太溪穴、太冲穴-肾俞穴、太冲穴-三阴交。电针波形中以连续波与疏密波常见,均具有较高的临床应用价值。结论电针治疗乳腺增生病处方以足阳明胃经为最多,其次为任脉;电针波型以连续波为主。     

六味地黄丸干预绝经后骨质疏松症患者基因表达谱分析

目的探讨中药六味地黄丸干预绝经后骨质疏松患者的分子机制并分析预测其靶标和药物作用通路。方法检索并下载GEO中与采用六味地黄丸干预绝经后骨质疏松症的微阵列基因表达数据集。通过获取的基因表达数据集,分析六味地黄丸干预前后绝经后骨质疏松症患者血液中差异表达基因变化,并将这部分差异表达基因与在绝经后骨质疏松症患者和正常绝经女性血液中差异表达的基因取交集,获得两对比组中共同差异表达的基因。通过基因本体论数据库(GO)对获得的共同差异表达基因分别从生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞组分(CC)三方面进行功能富集分析;利用京都基因和基因组百科全书数据库(KEGG)进行通路富集分析。利用生物通用交互数据集库(BioGRID)分析获得与共同差异表达基因产物互作的蛋白质,并构建蛋白质-蛋白质互作关系(PPI)网络,采用Cytoscape软件实现蛋白质-蛋白质互作关系网络的可视化。应用中医药数据库(BATMAN-TCM)对六味地黄丸主要中药成分的靶标基因进行预测。结果六味地黄丸干预后,得到1 350个差异表达基因,其中上调表达基因322个,下调表达基因1 027个。58个共同差异表达基因与六味地黄丸干预绝经后骨质疏松的分子机制相关,六味地黄丸干预后43个基因下调,15个基因上调。六味地黄丸主要中药成分的10个共同差异表达基因靶标为ESR1, FGFR2, MED1, PGR, PRKCB, PTGS1, PTGS2, TRIM24, VDR, WNT4。与六味地黄丸干预组差异表达基因对比分析,ATF2, FBXW7以及RDX基因在干预后呈现显著差异表达。结论 ATF2, FBXW7和RDX基因为参与六味地黄丸干预绝经后骨质疏松分子调控机制的关键基因。六味地黄丸主要中药成分的10个共同靶标基因中,ESR1, FGFR2, MED1, WNT4为六味地黄丸干预治疗绝经后骨质疏松等相关内分泌疾病的潜在调控基因。     

基于网络药理学的小陷胸汤治疗2型糖尿病的药理机制

目的:利用网络药理学探索小陷胸汤治疗2型糖尿病(T2DM)的药理机制。方法:在中药系统药理学技术平台(TCMSP)网站检索小陷胸汤的主要活性成分、对应的作用靶点及靶标基因,通过人类基因数据库(Gene Cards)获得T2DM的相关靶标基因,将药物活性成分靶点与T2DM靶点相映射,获得交集靶点即为小陷胸汤作用于T2DM的预测靶点。利用Cytoscape 3. 7. 1软件构建药物活性成分-交集靶点网络模型,选出关键活性成分。利用STRING网站构建交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),选出关键靶点基因。利用DAVID 6. 8在线工具对交集靶点进行基因本体(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:小陷胸汤作用于T2DM的活性成分有30个,相关靶点156个,关键有效成分14个,关键靶点基因18个。GO分析显示,小陷胸汤治疗T2DM潜在基因的生物功能主要涉及转录调控、氧化应激、蛋白结合和炎症反应等;KEGG通路富集显示小陷胸汤治疗T2DM影响的通路主要有缺诱导因子-1(HIF-1)信号通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,Toll样受体信号通路,甲状腺激素信号通路,磷脂酰肌醇氧3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路,乙肝,丙肝,酪氨酸激酶受体2(Erb B)信号通路,钙离子信号通路和核转录因子-κB(NF-кB)信号通路等。结论:小陷胸汤治疗T2DM机制可能是通过抑制炎症因子分泌,参与抗炎反应,降低氧化应激,升高细胞内钙离子浓度,阻断胰高血糖素信号通路,激活PI3K/Akt通路等来改善胰岛素抵抗,提高胰岛素敏感性,降低血糖。     

灰毡毛忍冬LmC3H1基因的克隆及表达模式与绿原酸含量相关性分析

目的:以灰毡毛忍冬为材料,克隆对-香豆酸3-羟化酶(LmC3H1)基因,进行生物信息学和表达模式分析,结合绿原酸含量,研究推测灰毡毛忍冬LmC3H1基因的功能。方法:通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和RACE技术克隆LmC3H1基因的全长c DNA序列,对该序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)和HPLC分别测定灰毡毛忍冬茎、叶及不同花期花中LmC3H1的相对表达量及绿原酸含量。结果:克隆得LmC3H1(Gen Bank:MN177695)基因,开放阅读框(ORF)长度为1 533 bp,编码510个氨基酸,推测其分子式为C_(2618)H_(4134)N_(718)O_(727)S_(22),相对分子质量为58 005.32,等电点8.92,为亲水性蛋白,定位于叶绿体中,具有跨膜区域LLLIPAVLFLISLVYPLI,含有细胞色素P450的保守结构域CYTOCHROME_P450(422-433 aa);Real-time PCR结果显示,LmC3H1在灰毡毛忍冬茎、叶及不同花期花有不同程度的表达,其中在花发育阶段,白色花蕾期相对表达量最高,花蕾初期及白色开花期次之;白色花蕾期花与茎、叶比,花的相对表达量最高,叶的最低;HPLC结果显示,从绿白色花蕾期到金黄色开花期绿原酸含量呈上升趋势,金黄色开花期含量最高,不同器官中,花中绿原酸最高,茎最低。结论:克隆得到灰毡毛忍冬LmC3H1基因,推测LmC3H1可能参与灰毡毛忍冬花绿原酸的生物合成。该研究为进一步研究该基因的功能及探究灰毡毛忍冬绿原酸生物合成和调节机制提供了依据,同时为遗传改良灰毡毛忍冬品质奠定了基础。     

Prognostic impact of distinct genetic entities in pediatric diffuse glioma WHO-grade II—Report from the German/Swiss SIOP-LGG 2004 cohort

Reports on pediatric low-grade diffuse glioma WHO-grade II (DG2) suggest an impaired survival rate, but lack conclusive results for genetically defined DG2-entities. We analyzed the natural history, treatment and prognosis of DG2 and investigated which genetically defined sub-entities proved unfavorable for survival. Within the prospectively registered, population-based German/Swiss SIOP-LGG 2004 cohort 100 patients (age 0.8-17.8 years, 4% neurofibromatosis [NF1]) were diagnosed with a DG2. Following biopsy (41%) or variable extent of resection (59%), 65 patients received no adjuvant treatment. Radiologic progression or severe neurologic symptoms prompted chemotherapy (n = 18) or radiotherapy (n = 17). Multiple lines of salvage treatment were necessary for 19/35 patients. Five years event-free survival dropped to 0.44, while 5 years overall survival was 0.90 (median observation time 8.3 years). Extensive genetic profiling of 65/100 DG2 identified Histone3-K27M-mutation in 4, IDH1-mutation in 11, BRAF-V600-mutation in 12, KIAA1549-BRAF-fusions in 6 patients, while the remaining 32 tumor tissues did not show alterations of these genes. Progression to malignant glioma occurred in 12 cases of all genetically defined subgroups within a range of 0.5 to 10.8 years, except for tumors carrying KIAA1549-BRAF-fusions. Histone3-K27M-mutant tumors proved uniformly fatal within 0.6 to 2.4 years. The current LGG treatment strategy seems appropriate for all DG2-entities, with the exemption of Histone3-K27M-mutant tumors that require a HGG-related treatment strategy. Our data confirm the importance to genetically define pediatric low-grade diffuse gliomas for proper treatment decisions and risk assessment.     

The prognostic and predictive role of 21-gene recurrence scores in hormone receptor-positive early-stage breast cancer

Over the past two decades, gene expression profiling of breast cancer has emerged as an important tool in early-stage breast cancer management. The approach provides important information on underlying biological mechanisms, breast cancer classification, future risk potential of developing recurrent metastatic disease, and provides beneficial clues for adjuvant chemotherapy in hormone receptor (HR) positive breast cancer. Of the commercially available genomic tests for breast cancer, the prognostic and predictive value of 21-gene recurrence score tests have been validated using both retrospective data and prospective clinical trials. In this paper, we reviewed the current evidence on 21-gene expression profiles for HR-positive HER2-negative early-stage breast cancer management. We show that current evidence supports endocrine therapy alone as an appropriate adjuvant systemic therapy for approximately 70% of women with HR-positive, HER2-negative, node-negative breast cancer. Evolving evidence also suggests that 21-gene recurrence scores have predictive values for node-positive breast cancer and that chemotherapy can be avoided in more than half of women with nodes 1 to 3 positive HR-positive breast cancer. Furthermore, retrospective data also supports the predictive role of 21-gene recurrence scores for adjuvant radiation therapy. A prospective trial in this area is ongoing.     

基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析

目的获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征。方法以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq~(TM) 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt。BLAST分析显示分别有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群。预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.2%。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得三叉苦转录组信息特征,为后续三叉苦功能基因的挖掘、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

β-纤维蛋白原-455G/A基因多态性与胆囊癌的相关性研

目的 通过检测胆囊癌患者β-纤维蛋白原（Fgβ）-455G/A基因，探讨Fgβ-455G/A基因多态性与胆囊癌的相关性。方法 采集50 例胆囊癌患者（胆囊癌组）和50 例胆囊结石伴慢性胆囊炎患者（胆囊炎组）的静脉血，应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）方法对Fgβ-455进行基因分型。 结果 Fgβ-455 基因GA杂合型和AA纯合子在胆囊癌中的频率显著高于胆囊炎组，显著增加胆囊癌发生的危险性，OR值（95%CI）分别为2.526（1.052～6.068）和4.306（1.177～15.749）。结论 Fgβ-455G/A位点G/A单个碱基的改变可能在胆囊癌的发病中起着重要的作用。